स्वातंत्र्य सैनिक म्हणून मान्यता देण्यासंदर्भातील १५० फायली मुख्यमंत्र्यांच्या खात्यातून गहाळ झाल्याचे प्रकरण उजेडात आल्यानंतर या विभागातील अनागोंदी  कारभाराचेही काही नमुने पुढे आले आहेत. स्वातंत्र्य सैनिक म्हणून मान्यता नाकारलेल्या काही जणांना नंतर निवृत्तीवेतन मंजूर करण्यात आल्याची माहिती हाती आली आहे. मुख्यमंत्र्यांच्या अखत्यारीतील या विभागात सुरू असलेला हा केवळ सावळा गोंधळ आहे की भ्रष्टाचार असा प्रश्न उपस्थित केला जात आहे.
मुख्यमंत्री पृथ्वीराज चव्हाण यांच्या सातारा जिल्ह्य़ातीलच एक प्रकरण मासलेवाईक आहे. स्वातंत्र्य सैनिक म्हणून कुणाला मान्यता द्यायची याचे निकष ठरलेले आहेत. त्या निकषानुसारच राज्य शासनाने फेब्रुवारी २००४ मध्ये मिर्झा इम्तीयाज अमीर बेग यांना स्वांतत्र्य सैनिक म्हणून मान्यता नाकारली होती. आपण स्वातंत्र्यलढय़ात भाग घेतला होता व आपणास लाहोरमध्ये तुरुंगवास झाल्याचे त्यांनी अर्जात नमूद केले होते. परंतु त्याबाबत पुरावा सादर केला नाही म्हणून त्यांचा अर्ज फेटाळण्यात आला. मात्र पुढे २००९ मध्ये लाहोर पाकिस्तानात गेल्याने त्यांना तुरुंगवास झाल्याचे प्रमाणपत्र मिळणार नाही, अशी सबब पुढे करुन बेग यांना निवृत्तीवेतन मंजूर करण्यात आले. दुसरे प्रकरण उस्मानाबाद जिल्ह्य़ातील आहे. हैदराबाद मुक्तीलढय़ात धोंडिबा ग्यानबा थोरात यांना रझाकारांनी गोळी घालून ठार केले, असा दावा करुन त्यांच्या विधवा पत्नी हारणाबाई यांनी स्वातंत्र्य सैनिक निवृत्ती वेतन मिळण्यासाठी अर्ज केला हा अर्जही २००१ मध्ये पुरावा नसल्याचे कारण सांगून फेटाळण्यात आला होता. मात्र १८ फेब्रुवारी २०१२ ला त्यांचा अर्ज मंजूर करुन त्यांना निवृत्ती वेतन सुरु करण्यात आले. तिसरे प्रकरणही उस्मानाबाद जिल्ह्य़ातीलच आहे. राज्य शासनाने ८ फेब्रुवारी २००६ रोजी गोविंद महादू बोरुळे यांचा स्वातंत्र्य सैनिक म्हणून मान्यता देण्याचा अर्ज फेटाळला. मात्र २७ एप्रिल २०१२ ला खास आदेश काढून शासाने त्यांना स्वातंत्र्य सैनिक गौरव निवृत्तीवेतन सुरु करण्यात येत असल्याचे जाहीर केले. चौथे प्रकरणही उस्मानाबाद जिल्ह्य़ातीलच आहे. रामलिंग दौलतराव गव्हाणे यांचा अर्ज आधी नामंजूर करण्यात आला. परंतु पुढे त्यांच्या पत्नीला स्वातंत्र्य सैनिक निवृत्ती वेतन सुरु करण्यास मान्यता देण्याचा २७ एप्रिल २०१२ ला आदेश काढण्यात आला.