समझौता एक्सप्रेस बॉम्बस्फोट प्रकरणामध्ये स्वामी असिमानंदांची मुक्तता करण्यात आल्यामुळे पाकिस्तानने भारताच्या उप-उच्चायुक्तांना समन्स बजावले आहे.  स्वामी असीमानंद यांची अजमेर बॉम्बस्फोट प्रकरणातून निर्दोष मुक्तता केल्याप्रकरणी आपली नाराजी दर्शवण्यासाठी भारताचे उप-उच्चायुक्त जे. पी. सिंह यांना दक्षिण आशिया आणि सार्कच्या महासंचालकांनी समन्स बजावले आहे.

स्वामी असीमानंदचा समझौता एक्सप्रेस बॉम्बस्फोट प्रकरणात सहभाग होता. तसेच, अभिनव भारत या संस्थेच्या कर्नल पुरोहित यांच्याशी त्यांचे संबंध होते ही बाब देखील लपून राहिलेली नाही असे पाकिस्तानचे प्रवक्ते नफीस झकेरिया यांनी म्हटले होते. भारताने कठोर पावले उचलून समझौता एक्सप्रेसच्या गुन्हेगारांना शिक्षा द्यावी असे झकेरिया यांनी म्हटले होते. २००७ मध्ये समझौता एक्सप्रेसमध्ये बॉम्बस्फोटमध्ये झाला होता. त्यामध्ये ६८ जण ठार झाले होते. तर अजमेर येथील दर्ग्याजवळ बॉम्बस्फोट झाला होता. त्याप्रकरणात असीमानंद यांचा सहभाग होता असा आरोप त्यांच्यावर ठेवण्यात आला होता.

अजमेर बॉम्बस्फोट प्रकरणातील आरोपी स्वामी असीमानंदसहित ५ जणांना राष्ट्रीय तपास यंत्रणेच्या (एनआयए) जयपूर न्यायालयाने निर्दोष मुक्त केले आहे. या प्रकरणातील इतर तिघांना मात्र न्यायालयाने दोषी ठरवले आहे. असीमानंद यांच्याविरोधात पुरावे मिळाले नसल्याचे एनआयएने म्हटले आहे. वर्ष २०११ मध्ये एनआयएनेच असीमानंद हेच या स्फोटाचे मास्टरमाइंड असल्याचे म्हटले होते. सुनील जोशी (मृत), भावेश पटेल आणि देवेंद्र गुप्ता यांना या प्रकरणी दोषी ठरवण्यात आले आहे.

अजमेर येथील सुफी संत ख्वाजा मोइनुद्दीन चिश्ती यांच्या दर्गामध्ये ऑक्टोबर २००७ मध्ये झालेल्या बॉम्बस्फोटात तीन जण ठार तर ३० जण जखमी झाले होते. सुरूवातीला राजस्थान एटीएसने तपास सुरू केला होता. २० ऑक्टोबर २०१० रोजी अजमेर न्यायालयात तीन आरोपींच्या विरोधात चार्जशीट दाखल करण्यात आले होते. परंतु १ एप्रिल २०११ रोजी एनआयएकडे तपास सोपवण्यात आला.

स्वामी असीमानंद यांच्या निर्दोष मुक्ततेवर पाकिस्तानने चिंता व्यक्त केली आहे. भारताने असीमानंद सारख्या लोकांची सुटका करुन नवीन पायंडा पाडू नये असे त्यांनी म्हटले आहे. स्वामी असीमानंद यांची सुटकेमुळे दहशतवाद्यांना वेगळा संदेश जाईल असे ते म्हणाले.